La población se creó por el año 1930 en la encrucijada de los caminos que unían las poblaciones situadas al norte de las provincias de Los Ríos y Guayas y el sur de Manabí. Para entonces, la única actividad de sus poquísimos habitantes era la de vender comida a los conductores y pasajeros de las flotas de transporte que hacían la ruta hacia Santa Fe y Quevedo.
Debido a su acelerado crecimiento, en 1961 se convirtió en parroquia rural del cantón Balzar, al que perteneció hasta que el Dr. José María Velasco Ibarra -durante su quinto y último gobierno- expidió el decreto de su cantonización, que fue publicado en el Registro Oficial No. 251 del 23 de junio de 1971.
Se extiende en una rica zona de producción agrícola y ganadera, situada al norte de la provincia y regada por numerosos ríos y riachuelos que fertilizan sus tierras haciéndolas aptas para varias clases de cultivos.
Su cabecera es la ciudad de su mismo nombre y consta de las parroquias rurales Guayas y El Rosario
Por su estratégica situación geográfica y por la laboriosidad de sus hijos, El Empalme se constituye en una de las poblaciones más pujantes y prósperas de la región, no sólo por su condición eminentemente agrícola, sino por su importante movimiento económico, reflejado en el comercio y la banca acreditados en ella.
